Setelah beberapa kali terlibat perang di Selat Malaka, Sultan Aceh dan Raja Portugis berdamai, tapi ketika Portugis hendak mencaplok Aceh, perang kembali terjadi.
Tentang penyerangan armada Portugis oleh Kerajaan Aceh juga diungkapkan sejarawan Malaysia, Fadhlullah Bin Jamil dalam makalah, Kerajaan Aceh Darussalam dan Hubungannya dengan Semenanjung Tanah Melayu, yang disampaikan dalam seminar Masuk dan Berkembangnya Islam di Aceh dan Nusantara di Kuala Simpang pada tahun 1980.
Fadhullah mengungkapkan bahwa Kerajaan Aceh yang dipimpin oleh Sultan Iskandar Muda menyerang Johor pada tahun 1613 M, karena saat itu Johor telah mengkhianati Aceh dan menjalin kerja sama dengan Portugis.
Baca Juga: Awal Mula Perang Aceh dengan Portugis
Memasuki tahun 1612, Raja Aceh, Sulthan Iskandar Muda yang mengasai dan mengontrol perdagangan di Selat Malaka, juga menutup seluruh bandar dan pelabuhan lada di Sumatera bagi Portugis, hingga mereka harus membeli lada ke Pattani, Thailand. Setelah beberapa kali terlibat perang di Selat Malaka, Sultan Aceh dan Raja Portugis berdamai, tapi ketika Portugis hendak mencaplok Aceh, perang kembali terjadi.
Sejarawan barat PA Tiele dalam, De Europeer in de Maleishe Archipel yang diterbitkan pada tahun 1877 menjelaskan, suatu hal yang unik terjadi di Aceh ketika memerintah Sultan Alaudin Riayat Syah al Mukammil (1587-1604). Sikap Sultan ini terhadap Portugis berbeda dengan Sultan-sultan Aceh lain sebelumnya. Sultan al Mukammil telah mengadakan suatu hubungan untuk berdamai dengan pihak Portugis di Malaka.
Usaha Sultan ini mendapat sambutan baik pula dari Portugis, sehingga pada waktu itu terjadi suatu situasi damai antara pihak Aceh dengan Portugis. Pada tahun 1600 suatu delegasi Portugis datang ke Bandar Aceh untuk mengadakan perundingan lebih lanjut.
Baca Juga: Kekuatan Armada Perang Aceh dalam Sejarah
Mengenai sebab-sebab mengapa Aceh dan Portugis mau menjalin suatu hubungan baik, sejarawan Eropa CR Boxer menyebutkan bahwa perubahan sikap kedua belah pihak yang sebelumnya saling bertentangan itu, adalah disebabkan karena kejenuhan yang terus menerus telah melibatkan diri dalam peperangan-peperangan.
Portugis ingin memanfaatkan masa damai tersebut untuk “beristirahat” dan untuk menyiapkan suatu serangan secara besar-besaran terhadap Kerajaan Aceh. Tetapi dari perkembangan situasi selanjutnya pihak Portugis benar-benar telah merubah maksudnya itu. Mereka rupa-rupanya tetap menginginkan suatu suasana damai dengan Kerajaan Aceh.
Mulai hubungan baik antara kerajaan Aceh dengan Portugis di Malaka dirintis ketika Sultan al Mukammil mengirim seorang utusan ke Malaka. Utusan ini membawa serta hadiah-hadiah dari Sultan Aceh untuk diberikan kepada penguasa Malaka pada waktu itu yang berada di bawah D Paulo de Lima. Kerajaan Aceh mengucapkan selamat kepada Portugis yang telah berhasil menghancurkan kerajaan Johor, yang pada waktu itu telah bermusuhan dengan Portugis di Malaka.
Utusan Aceh ini juga meminta kepada Portugis agar seorang wanita Aceh yang sedang ditahan oleh Portugis supaya dibebaskan. D Paulo de Lima mengabulkan permintaan ini dan juga bersedia untuk menjalin suatu hubungan damai dengan Kerajaan Aceh.
Baca Juga: Awal Mula Hubungan Militer Aceh dengan Turki
Sejak adanya perdamaian tersebut (1587), maka pihak Kerajaan Aceh tidak lagi melakukan penyerangan atas kapal-kapal Portugis yang lewat di perairan Aceh dan Selat Malaka. Kepada orang-orang Portugis juga diperkenankan untuk datang dan berdagang di kota Bandar Aceh Darussalam. Situasi damai antara Aceh dengan Portugis tidak berlangsung lama.
Pada tahun 1602 sultan Aceh mulai menaruh curiga kepada Portugis, yaitu ketika mereka meminta kepada sultan agar diberikan suatu pulau yang terletak di depan pantai Aceh untuk mendirikan sebuah benteng di tempat itu dengan alasan untuk menjamin keselamatan perdagangan Portugis di Aceh.
AJA Gerlach dalam Atjih en De Atjinezen, Arnhem, 1873 mengungkapkan, Sultan Aceh tidak hanya menolak permintaan tersebut tetapi juga merasa tersinggung karena diajukan dengan sangat angkuh. Sejak saat itulah Sultan Aceh mulai merubah kembali sikapnya terhadap Portugis. Dan mulai saat itu pula terjadi lagi hubungan yang tidak baik antara Aceh dengan Portugis.[]
